В прошлом Нёнокса — большой солепромышленный посад на побережье Белого моря, расположенный недалеко от устья Северной Двины. Впервые селение упоминается в грамотах 1397 года, но соль в этих местах вываривали ещё в XI веке. Обширная льготная торговля солью способствовала экономическому росту посада и привлекала в Нёноксу предприимчивых людей со всей России.
За шестьсот лет существования Нёнокского прихода его церкви неоднократно горели и отстраивались заново посадскими жителями совместно с монастырями, вкладывавшими средства в строительство храмов и содержание священнослужителей.
Храмовый комплекс Нёнокского прихода расположен в центре села, на большой площади, ограниченной по периметру усадебной и общественной застройкой
Церковь Живоначальной Троицы с Успенским и Петропавловским приделами — главный храм прихода, который расположен к северу от колокольни. Он был построен за три года бригадой из шести нёнокских плотников, возглавляемых каргопольским церковным мастером Василием Корсаковым. Освящение церкви состоялось в 1730 году.
Архитектура Троицкой церкви уникальна. Центрический ярусный храм имеет в основании восьмерик с четырьмя квадратными прирубами по сторонам света. Верхний ярус завершён регулярной группой из пяти шатров, увенчанных крупными луковичными главами.
В 1819 году в церкви были установлены резные четырехъярусные иконостасы, сплошным ковром, от солеи до расписного потолка «неба», охватывавшие восточные стены интерьера.
Церковь Николая Чудотворца — замечательный образец зимнего поморского храма XVIII века. Её строительство было завершено в 1762 году. Продольная композиция памятника образована разновысокими объёмами алтаря, церкви и трапезной, совмещёнными в одном окладе. К трапезной примыкает каркасная паперть с крыльцом. Основной объём церкви срублен восьмериком на четверике и перекрыт высоким стропильным шатром. Шатёр, венчающая его глава и бочка алтаря крыты городчатым лемехом.
В трапезной сохранились следы первоначального черного отопления: закопченные балки и верхние брёвна, проём для дымника на западной стене.
Характерной архитектурной особенностью храмового ансамбля являются кокошники очень редкой конструкции, установленные на срубцах. Ими обозначены ступенчатые переходы между ярусами четвериков и восьмериков обеих церквей. Видимо, такие же кокошники имелись и на приходской колокольне, возведённой в 1726 году.
В 1834 году эту колокольню сменила новая, построенная по утверждённому «плану и фасаду». Она выделяется в церковном комплексе необычным купольным завершением, окраской обшитых тёсом фасадов и рисованными архитектурными элементами.
Начатая в 1990 году комплексная научная реставрация храмового комплекса продолжается и сегодня. Она позволила обследовать и показать первоначальный облик ансамбля, его храмов и вместе с тем раскрыла выдающуюся историко-архитектурную ценность памятника.